Czy mogę pobrać i ponownie zainstalować nowe oprogramowanie bez utraty całej historii i poprzednich skanów?

Tak, możesz. Wszystko, co stworzyłeś, powinno znajdować się w jednym miejscu - folderze User.
Zmień nazwę folderu użytkownika User Old, a następnie ponownie zainstaluj oprogramowanie. Po instalacji przenieś wszystko ze User Old do User.